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DE LOS EDITORES

Genes, organismos, ambiente y sociedad: el legado de Richard Lewontin
Lev Jardón Barbolla, editor invitado, Luis E. Eguiarte y Clementina Equihua Z

ARTÍCULOS

Lewontin: evolución, dialéctica y pensamiento crítico
Lev Jardón Barbolla

Recordando a Richard Lewontin (1929-2021)
Stuart Newman

La genética de poblaciones antes y después de Lewontin
Luis E. Eguiarte y Valeria Souza

El legado de Richard Lewontin para las ciencias biológicas es la praxis revolucionaria
Ana Cristina Cervantes Arrioja

Del mosaico genómico de Lewontin y Krakauer a la divergencia entre especies
Daniel Piñero

Lewontin, pasteles, la triple hélice y cómo plantear preguntas sobre el fenotipo
Anayansi Sierralta Gutiérrez

El análisis de Lewontin del maíz híbrido: la relación dialéctica entre la genética y la política
John Vandermeer

Del objeto al proceso, la revolución de Richard Lewontin
Alí Yólotl Sánchez-Ramírez

¿Cómo entender la evolución? El punto de vista de Levins y Lewontin
Pablo Siliceo Portugal

HECHO EN CASA

La microdisección láser, una moderna herramienta para entender la integración de los mecanismos moleculares y celulares
Gastón Contreras Jiménez, Antal Moreno Espinosa, Berenice García Ponce de León y María Elena Álvarez-Buylla Roces

INFOGRAFÍAS

7 razones por las cuales Richard C. Lewontin es uno de los más grandes científicos en la historia
Andrea Legorreta Rojas, Elsa Gabriela Díaz Ramírez, Santiago Gámez Monroy, Jennifer Andrea Muñoz Castellanos y Enrique Armando Pérez Espinosa

Genes y organismos
Alejandro O. Tellez

La genética de poblaciones antes y después de Lewontin

Luis E. Eguiarte y Valeria Souza
Sin lugar a duda, Richard C. Lewontin (1929-2021) es una figura central en la biología moderna, como se describe en detalle en los diferentes artículos de esta colección. Aquí nos vamos a centrar en sus contribuciones a la llamada genética de poblaciones.

La genética de poblaciones es la espina dorsal de la biología evolutiva y explica cómo cambia la composición genética de las poblaciones (y de las especies que conforman estas poblaciones) debido a los efectos de las llamadas “fuerzas evolutivas”, donde la selección natural juega un papel central. Usando la genética de poblaciones como herramienta de investigación, Lewontin se dedicó a tratar de comprender cómo la selección natural determina la cantidad de variación genética que hay dentro y entre estas poblaciones. Así se dio cuenta de que para realmente alcanzar esta meta, primero necesitaba desarrollar herramientas —tanto teóricas como experimentales para acercarse de manera más realista y adecuada a las complejidades de los genomas. Ya con estos nuevos datos, se podría por fin analizar de manera adecuada los efectos y el papel de la selección natural.

Antes de Lewontin, los genetistas de poblaciones tenían una idea muy vaga o inexistente de lo que son los genomas. Los fundadores de la disciplina, Ronald A. Fisher (1890-1962), J.B.S. Haldane (1892-1964) y Sewall Wright (1889-1982), desarrollaron la teoría de la genética de poblaciones considerando un solo gen (que a veces llamamos locus) con solo dos formas o alelos, aunque en algunos análisis consideraban más. Sus modelos, a veces denominados de “genética de bolsa de frijoles” (bean-bag genetics), fueron criticados por diferentes evolucionistas de su época. Uno de esos críticos fue el ornitólogo, especialista en sistemática, Ernst Mayr (1904-2005), quien consideraba que estos modelos eran poco representativos de la evolución real. El nombre de bean-bag genetics viene de las simulaciones didácticas que usan frijoles (u objetos equivalentes) para enseñar los fundamentos de la genética de poblaciones. Por ejemplo, en la Facultad de Ciencias de la UNAM, ahora en vez de frijoles usamos botones para entender cómo funciona la deriva génica y la selección natural. Seguro varios de los lectores hicieron estas prácticas en sus estudios.

Pero los genomas en la realidad tienen miles de genes y muchos de estos genes están ligados, lo que quiere decir que a veces están cercanos en los cromosomas; en otras palabras, los genes no segregan (no se distribuyen en la progenie) independientemente (como pasaría si no hay ligamiento). Por esto, para investigadores como E. Mayr quedaba la duda de si se podía extrapolar, sin más cambios, el comportamiento y evolución de un solo gen a todo un genoma completo.

Lewontin y la complejidad genómica

Lewontin fue una de las primeras personas en ver con claridad el problema de la complejidad genómica. Desde el principio de la genética moderna se sabía que los genes se encuentran juntos en los cromosomas, interactuando entre sí en formas complejas. Por ejemplo, alelos particulares de diferentes genes pueden ser complementarios entre sí, de tal forma que ciertas combinaciones de alelos pueden generar un fenotipo (recordemos que el fenotipo es la expresión de los genes, es lo que vemos) que funcione mejor. 

Pero adicionalmente, si la selección favorece a un alelo en otro locus cercano en el mismo cromosoma, esa selección puede afectar las frecuencias alélicas de los genes ligados, es decir de dos alelos, cada uno en diferentes genes pero que estén juntos en el cromosoma: uno seleccionado a favor y otro gen donde no hay selección. Los alelos en los locus ligados pueden aumentar de frecuencia en los dos genes, aunque solo un alelo en uno de los genes es el seleccionado a favor. En otras palabras, cuando las frecuencias de un alelo en un gen cambian por selección, ese alelo es cada vez más común, pero también aumentan las frecuencias de los alelos de los otros genes que están ligados a ese mismo gen. Este proceso es conocido por los genetistas de poblaciones como “viajar de aventón” (hitchhiking).

Por ejemplo, en el cromosoma Y en mamíferos no hay recombinación y todos sus genes están altamente ligados, por lo que cada vez que opera la selección en algún gen del cromosoma, cambia no solo ese gen, sino todos los del cromosoma, lo cual ocasiona que se pierda la variación genética en ese cromosoma en todos sus genes. La complejidad genómica se debe a la existencia de decenas de miles de genes en una especie, cada uno con muchas versiones o alelos, junto con diferencias en las cantidades de variación genética a lo largo y entre cromosomas, así como a las posibles interacciones complejas entre genes —donde la expresión de un gen puede ser afectada por la presencia de otro. Esta complejidad hace que la evolución de los genomas reales sea más compleja que lo que sugerían los análisis clásicos que consideraban solo un locus con dos alelos. Los diferentes estudios de genomas de plantas y animales en los que hemos participado demuestran la diversidad y complejidad de los genomas. Por ejemplo, nuestros análisis con los genomas y la domesticación de calabazas mexicanas —que mencionamos abajo en la sección “Para saber más”—muestran que el genoma de la calabaza pipiana silvestre, Cucurbita argyrosperma subsp. sororia, tiene un total 254 millones de pares de bases, 9.3% más grande que en la subespecie domesticada, C. argyrosperma subsp. argyrosperma. En la pipiana silvestre encontramos 30,592 genes que codifican para proteínas, distribuidos en sus 20 cromosomas, así que en promedio tendríamos más de 1,500 genes en cada cromosoma, o sea, de genes ligados (en menor o mayor grado), y la selección en uno de ellos afectaría a los genes ligados (para más detalles, vean Barrera-Redondo et al. 2021).
Transitar de la genética de la “bolsa de frijoles” a losgenomas reales

A Lewontin le preocupaban varios puntos, con una claridad sorprendente para su época. Lewontin buscaba entender cómo pasar de la genética de un solo gene con dos alelos a modelos más realistas y satisfactorios que permitieran entender y, de ser posible, predecir los procesos evolutivos. También le interesaba conocer cuánta variación genética hay en los genomas, qué procesos o fuerzas evolutivas mantienen esa variación y cómo actúan los diferentes tipos de selección cuando los genes están ligados. 
El primer reto para Lewontin fue el de evaluar la cantidad real de variación genética. Su contribución central fue identificar que las nuevas herramientas bioquímicas y moleculares existentes cuando comenzó su labor como investigador se prestaban de manera idónea para estimar esa variación. Antes de Lewontin no teníamos ni idea de si había mucha o poca variación dentro de las poblaciones. Su maestro, Theodosius Dobzhansky (1900-1975), había propuesto que las poblaciones eran muy ricas en variación genética.
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Sus ideas estaban inspiradas en complicados experimentos cruzando moscas de la fruta (Drosophila spp.) para obtener individuos endógamos (resultado de cruzas entre parientes) y homócigos (con el mismo alelo en las dos copias de cada gen), para que se expresara la variación genética recesiva oculta (variabilidad que, por ser recesiva, solo se expresa en individuos homócigos, que se producen por cruzas endógamas), pero los resultados eran ambiguos.

Otros genetistas, como Hermann J. Muller (1890-1967), que también trabajaba con drosofilas, concluyó, a partir de experimentos similares y a veces de los mismos datos, que las poblaciones eran fundamentalmente homócigas, con muy poca variación, y que esta variación se debía a que surgían nuevos mutantes, que usualmente funcionaban mal y eran eliminados por la selección natural. Lewontin buscó la colaboración de un amigo bioquímico, John Lee Hubby (1932-1996), de la Universidad de Chicago, y juntos montaron y utilizaron en 1966 un método experimental sencillo, que vamos a llamar de isoenzimas, que consistía en dos pasos (Genetics 54: 577-594). En el primero se separan las proteínas por electroforesis, una técnica ya estándar en estudios bioquímicos de esa época que utiliza un campo eléctrico aplicado a un gel, en donde se coloca la muestra para separar las proteínas según su carga eléctrica y su tamaño. En el segundo paso se emplean métodos también ya previamente conocidos por los bioquímicos, para teñir las enzimas en el gel. Por ejemplo, para la alcohol deshidrogenasa se usa el sustrato que metaboliza la enzima (alcohol) y se incluyen otros compuestos que ayudan a la enzima a realizar su actividad (en este caso la deshidrogenación). Como resultado de esa reacción se producen tinciones que se ven como bandas en el gel de almidón, una si los organismos son homócigos para el gen que codifica a dicha enzima y dos si son heterócigos. Así, en los geles se puede distinguir fácilmente a los individuos homócigos de los heterócigos y estimar las frecuencias en las poblaciones de cada uno de los alelos en un gen dado, usando para esto la teoría básica propuesta por los fundadores de la genética de poblaciones.

Este método de isoenzimas para analizar la variación genética de las poblaciones naturales de Lewontin y Hubby funciona perfectamente en todo tipo de organismos, desde drosofilas y animales vertebrados a plantas y bacterias. Por ejemplo, en el laboratorio --cuando éramos alumnos del Dr. Daniel Piñero-- comenzamos nuestros estudios evolutivos con este método en frijoles, árboles tropicales y bacterias fijadoras de nitrógeno (específicamente en Rhizobium). El resultado fue espectacularmente claro: ¡todas (o casi todas) las especies tienen elevados valores de variación genética en sus poblaciones!

Este es un resultado muy importante para la evolución. Si hay variación, sobre ésta puede operar la selección natural, gracias a la cual los organismos se adaptan a un ambiente cambiante. Cuando hay mayor variación, las poblaciones pueden cambiar más rápido y adaptarse por selección natural, como sabíamos desde que Fisher, Haldane y Wright describieron el originalmente el proceso en términos de la genética de poblaciones.

 

La preocupación de Lewontin sobre la elevada variación

Pero, paradójicamente, esta amplia variación genética preocupó a Lewontin desde que la encontró inicialmente. Para entender su angustia, debemos pensar con cuidado: si hay selección, se va eliminado la variación genética porque la variación es una tipo de “combustible” para el cambio evolutivo, conforme se va “utilizando”, se va reduciendo. Para mantener altos valores de variación genética, Dobzhansky había propuesto un tipo particular de selección: la selección balanceadora, donde los heterócigos tienen la ventaja. Para entenderla, lo más fácil es referirnos al famoso caso de la anemia falciforme: a las personas homócigas para la hemoglobina común les da malaria, y en muchos casos no sobrevienen a la edad reproductiva (o sea su “adecuación” --fitness en inglés-- es baja), pero a los homócigos para la hemoglobina de la anemia falciforme viven anémicos porque las células defectuosas no cumplen sus ciclos de vida y una gran proporción de la gente que la padece se muere antes de llegar a la edad adulta. Sin embargo, los heterócigos viven muy bien, no les da ni malaria ni anemia.

Pero desde su artículo original, Lewontin y Hubby (Genetics 54: 595-609) se dieron cuenta que para mantener esto niveles de variación genética, el “costo” o carga genética de acuerdo a los modelos clásicos de selección serían impresionantes, como ya antes había descrito el mismo Haldane. Para darnos una idea, con estos modelos se estima que para tan sólo mantener polimórfico al locus de la anemia falciforme, se debería de morir por malaria o por anemia algo así como el 10% de la población. Por ejemplo, con sólo 10 o más loci similares mantenidos por selección balanceadora con ventaja del heterócigo, se perderían (eliminarían) todos los individuos (100%) de la población. Según cálculos como los que hicieron Lewontin y Hubby, si hubiera unos mil loci polimórficos en una población (lo que se desprende de las estimaciones originales de su estudio), se tendrían que morir algo así como 25 mil hijos para que sobreviviera solo uno, aún con muy pequeñas diferencias en la adecuación (o sea, considerando una ventaja del heterócigo sobre los dos homócigos en algo así como 2%).

            Para resolver la paradoja de Lewontin hay dos opciones. Una es que, gracias al ligamiento entre los genes, el costo no sea tan alto: un individuo heterócigo para un gen, podría ser también heterócigo para muchos otros genes ligados, y así el costo total (los individuos que son eliminados por selección natural) se reduciría al costo de mantener un solo polimorfismo por selección balanceadora (o ventaja del heterócigo, como es el caso de la anemia falciforme visto arriba). De hecho, para toda una región amplia del genoma, en los casos donde haya fuerte selección balanceadora, se puede mantener el ligamiento, gracias a inversiones cromosómicas que evitan la recombinación y hacen que se herede todo el juego de genes como un “paquete” sin cambios, cosa que Dobzhansky y colaboradores habían visto en sus estudios con drosofila.

La otra opción era “aterradora” para Lewontin y Dobhznasky y para la mayoría de los biólogos evolutivos de esa época: que toda (o mucha) esa variación molecular recientemente descrita fuera irrelevante para la evolución, que fuera “neutra”, como explicaremos en un momento.

Lewontin pone manos a la obra para resolver sus preocupaciones

Así, Lewontin se dio a dos tareas. Por un lado, se puso a desarrollar índices que describieran de manera cuantitativa y comparativa qué tan ligados están los genes. Estos índices se pueden estimar de los datos experimentales obtenidos de estudios con isoenzimas y con otros métodos moleculares; y se pueden comparar con lo que se espera que suceda en análisis matemáticos y en simulaciones en computadoras. Esta medida es la D, que Lewontin describió desde 1960 (Lewontin y Kojima, Evolution 14: 458-472.), que luego hace más sofisticada en otro artículo de 1964 (Lewontin, 1964, Genetics 49: 49-67). Esta medida, D, indica qué tanto desequilibro de ligamiento hay entre los genes y va de 0, si segregan independientemente (por ejemplo que están en cromosomas diferentes), a 1 en el caso de la (que es una D estandarizada para facilitar su comparación), si siempre están juntos ciertos alelos (y que en teoría, se deberían encontrar muy cerca en los cromosomas).

            La otra tarea en la que se embarcó Lewontin fue la de analizar, de manera teórica --con estudios matemáticos y con simulaciones en computadoras pioneras-- si era posible que se formaran esos “juegos” de alelos “óptimos” de diferentes genes bajo selección balanceadora. Concluyó que sí, que en ciertas condiciones podrían llegar a formase genomas “cristalizados”, con cromosomas complementarios con diferentes alelos, de tal forma que, si se forma un individuo con estos cromosomas complementarios, automáticamente es heterócigo para muchos genes y así tiene una alta adecuación (funciona muy bien). De esta forma la selección no necesitaba eliminar a tantos individuos para mantener el polimorfismo (Franklin y Lewontin, 1970, Genetics 65:707-734).

La paradoja de Lewontin ¿Selección balanceador o Teoría Neutra?

Pero existe otra posibilidad más para explicar este polimorfismo, la posibilidad que tanto preocupaba a Lewontin y a Dobzhansky, tal como mencionamos arriba. Esta posibilidad fue formalizada en 1968 por Motoo Kimura (1924-1994) en una publicación de Nature (217 (5129): 624–626) y se conoce como la Teoría Neutra. La idea, en pocas palabras, es que la gran diversidad genética que detectamos en la mayor parte de las poblaciones naturales no es mantenida por selección balanceadora, sino que es el resultado de la mutación --que produce la nueva variación--, y el tiempo que le lleva a la deriva génica para que se fije o se pierda esta variación genética.

            Estas dos posibilidades para resolver lo que vamos a llamar “la paradoja de Lewontin” —que si bien hay mucha variación genética, es posible que no sea mantenida por selección balanceadora (junto con el ligamiento), sino que se deba y se mantenga por puros procesos aleatorios— le preocupó tanto, que pocos años después, en 1974, publicó su obra magna The Genetic Basis of Evolutionary Change (Columbia UP, NY isbn 978-0231083188) para tratar de entenderla y explorarla.  Ese libro es un excelente resumen tanto de lo que se sabía y esperaba del comportamiento de la variación genética según la teoría de la genética de poblaciones, como una revisión de todos los datos existentes sobre ella en esa época.

Además, en este libro Lewontin critica las ideas de Kimura de diferentes formas, pero principalmente considerando que según los modelos neutros básicos, muchas de las poblaciones naturales debían presentar nula (o muy poca) variación genética, o sea, H, la proporción de individuos heterócigos en una población para un gen, debería ser cercana a cero; mientras que otras poblaciones deberían de tener niveles de variación genética cercanos al máximo H= 1, donde cada alelo analizado es diferente, y en otras poblaciones deberíamos encontrar  todo tipo de valores intermedios en la H. Estos patrones se ha demostrado que no suceden: casi todas la poblaciones tienen variación en un intervalo relativamente pequeño, con H entre 0.03 y 0.15.

Lewontin concluye que para resolver la paradoja (o sea, decidir si es selección o procesos neutros) faltaría tanto teoría como datos empíricos, y en particular, conocer la variación genética no por medio de isoenzimas --que son proteínas y no revelan toda la variación-- sino estudiando directamente las secuencias de ADN.

            A partir de estas ideas sus alumnos, en particular Martin Kreitman, se abocaron en conocer los niveles reales de variación en el genoma y la fuerzas que la mantenían, pero esto tomó muchos años, ya que no se habían desarrollado las técnicas que actualmente se utilizan para amplificar y secuenciar el ADN.

Lewontin: un revolucionario en la genética de poblaciones

Las herramientas que concibió y desarrolló Lewontin desencadenaron dos revoluciones científicas en la genética de poblaciones. Primero motivaron a que se hicieran miles de estudios con isoenzimas en todo tipo de organismos, permitiendo por primera vez a cualquier biólogo estudiar la genética de poblaciones de su organismo favorito, desde bacterias hasta al humano. Y posteriormente, dieron origen a los primeros estudios de genética de poblaciones con secuencias de ADN, que han florecido en la actual genómica de poblaciones, estudios que utilizan como una herramienta fundamental la estimación de la D que propuso Lewontin, junto con pruebas de selección que él también desarrolló.

            Actualmente sabemos que los genomas son muy complejos, más que lo que Lewontin o Kimura se imaginaron. Y ya sabemos que genomas representan complicados mosaicos evolutivos que incluyen tanto claras señales de selección direccional y adaptación —regiones donde se ha perdido la variación genética —, como regiones con altos niveles de variación genética, dominadas por la selección balanceadora —como es el famoso sistema MHC (iniciales en inglés del Major Histocompatibility Complex) en animales— y, al mismo tiempo, hay grandes regiones del genoma (la mayor parte) regidas por la teoría neutra.

Como conclusión, podemos decir una vez más que la realidad biológica nos demuestra que la vida es (muy) complicada, y no es de ninguna forma tan sencilla y emocionante como hubieran querido Lewontin y su maestro Dobzanskhy —o sea, evolutivamente dominada por la selección balanceadora— ni tan simple (pero aburrida) como se la imaginaban Kimura o Muller –evolutivamente dominada por la mutación y deriva-- sino mucho más rica y compleja.

Agradecimientos:

Este artículo se escribió en Punta Arenas, Chile, en el Centro de Estudios del Cuaternario Fuego-Patagonia Antártica (CEQUA), donde agradecemos el apoyo de la Dra. Paola Acuña y todo el personal del Centro, y al proyecto R20F0009 ANID-Chile que financió nuestra visita.

            También agradecemos al proyecto PAPIIT IG200122, UNAM, que apoya nuestra investigación sobre diversidad genética. A Lev Jardón y a todo el comité de la academia de Evolución de la Facultad de Ciencias, UNAM, por su invitación al evento sobre Lewontin.

 

Para saber más

Barrera-Redondo, Josué, Guillermo Sánchez-de la Vega, Jonás A. Aguirre-Liguori, Gabriela Castellanos-Morales, Yocelyn T. Gutiérrez-Guerrero, Xitlali Aguirre-Dugua, Salvador Montes-Hernández, Erika Aguirre-Planter, Maud Tenaillon, Rafael Lira-Saade, Luis E. Eguiarte (2021). The domestication of Cucurbita argyrosperma as revealed by the genome of its wild relative. Horticulture Research 8: 109. 14 páginas. https://doi.org/10.1038/s41438-021-00544-9.

Estudio actualizado que muestra las complejidades de los genomas, los niveles de variación y los patrones de selección en el genoma de una especie mexicana.

Eguiarte, Luis E. (1986). Una guía para principiantes en la genética de poblaciones. Revista Ciencias Número especial 1: 30-39.https://bit.ly/46ylXwD

Introducción sencilla a la genética de poblaciones y la disputa por conocer los niveles de variación genética.

Eguiarte, Luis E., Jonás A. Aguirre-Liguori, Lev Jardón-Barbolla, Erika Aguirre-Planter y Valeria Souza (2013). Genómica de poblaciones: nada en evolución va a tener sentido si no es a la luz de la genómica, y nada en genómica tendrá sentido si no es a la luz de la evolución. TIP Revista Especializada en Ciencias Químico-Biológicas 16(1): 42-56. https://bit.ly/44cnoPA

Revisión de los nuevos métodos y datos para analizar la diversidad genética y sus patrones.

Piñero, Daniel et al. (2008). La diversidad genética como instrumento para la conservación y el aprovechamiento de la biodiversidad: estudio en especies mexicanas (pp. 437-494). En J. Soberón, G. Halffter y J. Llorente-Bousquets (comps.). Capital Natural de México. 1: Conocimiento actual desde la biodiversidad. CONABIO, México, D.F. https://bit.ly/3JJAhbQ

Revisión de todo lo que se sabía hasta hace unos años sobre la diversidad de las especies mexicanas.